Presidente Alfredo Cristiani ordena la ocupación de la Universidad de El Salvador
El 12 de noviembre de 1989, en dentro del contexto de la ofensiva insurgente lanzada por el FMLN el día anterior, el Presidente Alfredo Cristiani ordena una intervención militar a la Universidad de El Salvador que la mantendría cerrada hasta el siguiente año.
En esos seis meses de cierre, la UES fue ocupada por elementos del ejército quienes saquearon las facultades del alma mater, dejándola sin elementos principales como computadoras, equipos de laboratorio, libros importantes, muebles y escririos y automóviles.

Las autoridades buscaron ayuda en diferentes lugares para ubicar las diferentes oficinas de la U, entre ellas las oficinas centrales que funcionaron en el último piso del edifico de la Corte de Cuentas. Mientras las clases de brindaban en locales arrendados en diferentes partes del centro de San Salvador.


La UES fue entregada en mayo de 1990 a las autoridades universitarias.
En 1991, con la elección del rector Fabio Castillo Figueroa para una segunda gestión, se inició un período de recuperación para la Universidad de El Salvador.

Uno de sus logros conseguidos en esta nueva etapa de labores al frente de la UES fue hacer realidad el sueño de crear la Facultad de Ciencias Naturales y Matemática el 5 de septiembre de 1991, la cual comenzaría a funcionar como tal el 4 de enero de 1992.329También en este período de gestión se logró construir un nuevo edificio para la Biblioteca Central de la UES.